My NCBI

My NCBI — это персонализированный веб-интерфейс, предоставляемый Национальным центром биотехнологической информации (NCBI) США, входящим в состав Национальной медицинской библиотеки (NLM) Национальных институтов здоровья (NIH). Сервис предназначен для сохранения настроек поиска, фильтрации результатов, хранения библиографических ссылок и автоматического уведомления пользователей о новых публикациях по заданным запросам в базах данных NCBI, прежде всего в PubMed.

История

Система My NCBI была запущена в 2004 году как замена более ранней функции «Cubby», которая позволяла сохранять поисковые запросы в PubMed. Создание My NCBI было ответом на растущие потребности исследователей в персонализации доступа к огромному массиву биомедицинской литературы. Первоначально сервис предоставлял базовые возможности сохранения запросов и настройки фильтров. В последующие годы функционал был значительно расширен: добавлена возможность сохранения коллекций статей, настройка отображения результатов, интеграция с внешними менеджерами библиографических ссылок и создание автоматических уведомлений (e-mail alerts). В 2019 году интерфейс My NCBI был обновлён, получив более современный дизайн и улучшенную навигацию. В 2020-х годах сервис продолжает развиваться, в том числе за счёт интеграции с новыми базами данных NCBI, такими как PMC (PubMed Central) и Bookshelf.

Основные функции

My NCBI предоставляет пользователям ряд инструментов для эффективной работы с научной информацией.

Сохранение поисковых запросов и настройка фильтров

Пользователь может сохранить любой поисковый запрос, выполненный в PubMed или других базах NCBI. Сохранённые запросы можно запускать вручную или настроить их автоматический запуск по расписанию. Для каждого запроса можно задать фильтры, например, по типу публикации (обзоры, клинические испытания), дате публикации, языку, возрастной группе пациентов или полу. Это позволяет быстро получать релевантные результаты, исключая ненужные.

Автоматические уведомления (e-mail alerts)

Одна из наиболее востребованных функций — получение уведомлений по электронной почте о новых публикациях, соответствующих сохранённым запросам. Пользователь может настроить периодичность рассылки (ежедневно, еженедельно, ежемесячно) и формат сообщения (простой текст, HTML, XML). Уведомления могут содержать ссылки на полные тексты статей, если они доступны в открытом доступе.

Хранение коллекций статей (My Bibliography)

My NCBI позволяет создавать и управлять коллекциями библиографических ссылок. Пользователь может добавлять статьи из PubMed, PMC, Bookshelf и других баз, а также вручную вводить ссылки на книги, главы, патенты и другие типы публикаций. Коллекции можно организовывать по темам, проектам, грантам или другим критериям. Эта функция особенно полезна для учёных, готовящих отчёты по грантам, диссертации или списки литературы для публикаций.

Настройка отображения результатов

Пользователь может настроить, как будут отображаться результаты поиска в PubMed: количество записей на странице, формат (краткий, полный, абстракт), порядок сортировки (по дате, релевантности, автору, журналу). Эти настройки сохраняются для всех последующих сеансов работы.

Интеграция с менеджерами библиографических ссылок

My NCBI поддерживает экспорт сохранённых коллекций в форматы, совместимые с популярными менеджерами библиографических ссылок, такими как EndNote, Zotero, Mendeley и RefWorks. Это позволяет легко переносить ссылки в специализированное программное обеспечение для управления литературой.

Использование

Для использования My NCBI требуется регистрация. Пользователь создаёт учётную запись (логин и пароль), которая связывается с его персональным профилем. Вход в систему осуществляется через веб-интерфейс NCBI. После входа пользователь получает доступ к панели управления, где может управлять всеми сохранёнными данными.

Регистрация и доступ

Регистрация бесплатна и доступна любому пользователю, имеющему адрес электронной почты. Для входа используется стандартная форма аутентификации NIH. Владельцы учётных записей в других системах NIH (например, eRA Commons) могут использовать их для входа.

Интерфейс

Интерфейс My NCBI состоит из нескольких основных разделов:

• Dashboard (Панель управления): отображает сводку по сохранённым запросам, коллекциям и уведомлениям.
• Saved Searches (Сохранённые запросы): список всех сохранённых запросов с возможностью их запуска, редактирования, удаления и настройки уведомлений.
• Collections (Коллекции): управление коллекциями статей, включая создание, редактирование, удаление и экспорт.
• Filters (Фильтры): управление пользовательскими фильтрами для поиска.
• My Bibliography (Моя библиография): создание и управление списками публикаций для отчётов по грантам.
• Settings (Настройки): общие настройки профиля, включая смену пароля, настройки уведомлений и предпочтения отображения.

Значение и применение

My NCBI является важным инструментом для исследователей, врачей, студентов и всех, кто регулярно работает с биомедицинской литературой. Сервис позволяет:

• Экономить время: автоматизировать поиск новых публикаций по интересующим темам.
• Повышать эффективность: быстро находить релевантные статьи, используя сохранённые фильтры и запросы.
• Упорядочивать информацию: систематизировать ссылки и создавать коллекции для различных проектов.
• Готовить отчёты: формировать списки публикаций для грантовых заявок и отчётов о научной деятельности.

Критика и ограничения

Несмотря на широкую популярность, My NCBI имеет ряд ограничений. Основные из них:

• Зависимость от интернет-соединения: для доступа к сервису требуется постоянное подключение к сети.
• Ограниченная функциональность: по сравнению с профессиональными менеджерами библиографических ссылок (например, EndNote или Zotero), возможности управления ссылками в My NCBI более ограничены. Например, отсутствует функция автоматического извлечения метаданных из PDF-файлов.
• Сложность интерфейса: для новых пользователей интерфейс может показаться перегруженным и неинтуитивным, особенно при настройке сложных фильтров и уведомлений.
• Проблемы с конфиденциальностью: хранение персональных данных и истории поисковых запросов на серверах NIH может вызывать опасения у некоторых пользователей, особенно в контексте работы с чувствительными темами.
• Отсутствие поддержки некоторых форматов: экспорт ссылок возможен не во все форматы, используемые в разных научных областях.

Источники

• National Center for Biotechnology Information. (2023). My NCBI Help. U.S. National Library of Medicine.
• National Library of Medicine. (2022). PubMed User Guide. U.S. National Institutes of Health.
• Lu, Z. (2011). PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature. Database, 2011, baq036.
• Sayers, E. W., et al. (2022). Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research, 50(D1), D20-D26.